秋季，石榴樹往往會萌發許多二、三次新梢，從而使樹冠枝條密集，造成通風透光不良，引起果實增大慢、著色不良，也影響內膛葉叢枝和短枝形成花芽。因此，加強秋季修剪顯得尤為重要。

　　1．疏枝。繼續剪除密生的、徒長的、有病蟲的萌枝、萌蘗。要求疏枝后樹冠下的光斑均勻分布于地面上，以占全樹冠投影面積的10％～15％為適合。保證果實直接見光，使內膛葉叢枝及短枝見光充足，形成花芽快。對剪下的病蟲果枝采取深埋或焚燒。

　　2．剪根。石榴樹衰老的表現特征之一是根系老化衰亡，因此根據石榴樹結果情況，逐年進行根系修剪是十分必要的。可于10月中旬至11月（采果后及落葉前），結合秋擴穴翻施有機肥，在樹冠外圍挖環狀或平行溝（深度50～100厘米），切斷部分小于1厘米直徑的根，有利于根系再生和擴大。